“(...) crê ainda hoje muita parte dos portugueses que o índio só tem figura humana, sem ser capaz de perfectibilidade. Eu sei que é difícil adquirir a sua confiança e amor; porque, como já disse, eles nos odeiam, nos temem e, podendo, nos matam e devoram. E havemos de desculpá-los, porque, com o pretexto de os fazermos cristãos, lhes temos feito e fazemos muitas injustiças e crueldades.”
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Viagem científica
Pouco depois de se tornar bacharel em Leis e Filosofia Natural pela Universidade de Coimbra, José Bonifácio recebe do governo português uma bolsa de viagens pela Europa, onde, por dez anos, irá se especializar na teoria e na prática da Mineralogia e da Metalurgia. A viagem começa por Paris, em 1791. Sabe-se que nesse período ele estuda com os célebres professores Antoine-François Fourcroy e Jean-Pierre-François Guillot-Duhamel e que é aceito em pelo menos duas sociedades científicas: a Sociedade Filomática e a de História Natural. Da França segue, em 1792, para Freiberg, na Saxônia, então um dos principais centros de estudo de Mineralogia, onde por dois anos cursa a Escola de Minas, diplomando-se em Orictognosia (maneira prática de determinar os minerais) e Geognosia (literalmente, conhecimento da Terra). Durante esse período, acumula informações empíricas sobre metalurgia e jazidas de minérios. Sofre a influência de Abraham Gottlob Werner, mas também de outros professores, como Lampadius e Charpentier.
Os conhecimentos adquiridos na Saxônia logo são aplicados em viagens por várias províncias mineralógicas européias. Primeiro, em 1794-6, pela Boêmia, Áustria e Itália. Nos dois anos seguintes, demora-se sobretudo na Escandinávia, percorrendo suas ricas jazidas. Lá descreve pela primeira vez quatro minerais (espodumênio, criolita, escapolita e petalita – este, hoje, especialmente relevante, por dele se extrair o lítio) e oito variedades dos mesmos. Até 1799, faz várias viagens pelo norte da Europa, sendo admitido em diversas sociedades científicas. A viagem científica de José Bonifácio chega ao fim em 1800, quando é nomeado intendente geral das Minas e Metais do Reino e professor em Coimbra.